Bei einer Waldstrukturkartierung geht es darum, das Quartierpotential für Fledermäuse oder höhlenbrütende Vogelarten in einem Waldbestand einzuschätzen, da jegliche quartiergeeigneten Strukturen nach § 44 Abs. 1 Satz 3 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG) geschützt sind. Doch auch wichtige Strukturen für beispielsweise Haselmaus oder Wildkatze werden dokumentiert.
Zu diesem Zweck erfolgt eine Habitatstrukturkartierung des Untersuchungsgebietes (USG). Hierbei wird das USG in der laubfreien Zeit systematisch begangen und auf geeignete Strukturen (vgl. „Taschenführer der Baummikrohabitate“ Bütler, R.; Lachat, T.; Krumm, F.; Kraus, D.; Larrieu, L., 2020: Taschenführer der Baummikrohabitate – Beschreibung und Schwellenwerte für Feldaufnahmen. Birmensdorf, Eidg. Forschungsanstalt WSL. 59 S.) geprüft.
In der Regel werden Höhlenbäume, Alt- und Starkholz, Totholz, Wurzelteller etc. aufgenommen. Im weitern Verlauf dient die Waldstrukturkartierung der Abschätzung der Habitateignung eines Gebietes die für die Eingriffsfolgenabschätzung notwendig ist. Auf der Grundlage der gewonnenen Erkenntnisse können dann geeignete Maßnahmenflächen gefunden werden.